Położona na niemal 7 tys. wysp i wysepek Japonia jest 10 pod względem liczby ludności krajem na świecie. Jej łączną powierzchnię ocenia się na ok. 378 000 km², zatem oczywiste jest, że dla zachowania porządku – administracyjnego, gospodarczego, społecznego i kulturowego – kraj musiał zostać podzielony na mniejsze obszary i jednostki.
Pierwszy podział administracyjny Kraju Kwitnącej Wyspy określony został już w VIII w. w Kodeksie Asuka – jednym z aktów normatywnych systemu Ritsuryo-, obowiązującego w klasycznej Japonii. Dzielił on powierzchnię państwa na 5 prowincji – Yamato, Yamashiro, Kawachi, Settsu i Izumi – oraz 7 do- tzw. obwodów, a dosłownie dróg lub traktów: Tokaido, Tosando, Hokurikudo, San-indo, San-yodo, Nankaido, i Saikaido. Ilość prowincji wahała się w ciągu wieków, by w okresie restauracji cesarstwa ustabilizować się na poziomie 68 jednostek. Początkowo na ich czele stali mianowani przez cesarza gubernatorzy, zwani kokushi. W feudalnej epoce Muromachi zastąpili ich tzw. shugo. Wyznaczani przez siogunów administratorzy mogli cieszyć się szerszym zakresem władzy i sprawować ją nad więcej, niż jedną prowincją. Około X wieku ich rolę przejęli ostatecznie daimyōu – najbardziej wpływowi feudalni rządcy, których funkcja utrzymywała się aż do XIX wieku.
Ustanowiony w VIII w. podział obowiązywał oficjalnie do XVI w., jednak w świadomości mieszkańców pozostał żywy aż do wielkich przemian w XIX w.
Obecny podział wyspiarskiego kraju wprowadzony został pod koniec XIX w. Administracyjny system nosi nazwę to-dou-fu-ken (都道府県). Japonia podzielona jest oficjalnie na 47 prefektur: 2 metropolie to (都), obejmujący wyspę Hokkaido dystrykt dou(道), 2 prefektury miejskie fu (府) oraz 43 prefektury zwykłe ken (県).
Kraj Kwitnącej Wiśni nieoficjalnie dzieli się również na 8 tradycyjnych regionów geograficznych: Hokkaidou, Touhoku, Kantou, Chuubu, Kinki, Chuugoku, Shikoku oraz Kyuushu-Okinawa.
Hokkaidou, czyli druga co do wielkości japońska wyspa, tworzy wraz z kilkoma okolicznymi wysepkami najchłodniejszy region Japonii. Słynie z naturalnych terenów i przepięknych pejzaży, poprzecinanych masywnymi górskimi łańcuchami. Na świecie region ten znany jest przede wszystkim z odbywających się w Sapporo zimowych igrzysk oraz widowiskowego Festiwalu Śniegu.
Górzysty region Touhoku obejmuje całą północno-wschodnią część Japonii. Jego klimat charakteryzują krótkie lata i długie zimy, pomiędzy którymi wyróżnić można urokliwe okresy wiosny i jesieni. W typowo rolniczej części kraju przemysł zaczął się rozwijać dopiero w latach 60, XX wieku, dlatego obszar ten nadal zachwyca naturalnym pięknem. Touhoku przyciąga jednym z tzw. Trzech japońskich pejzaży. Matsushima, czyli Sosnowa Wyspa, to grupa 260 wysepek porośniętych sosnami – matsu. Niektóre z nich są tak małe, że mogą stanowić dom jedynie dla okolicznych mew. Większe połączone są czerwonymi mostami, które nadają krajobrazom wyjątkowy, baśniowy charakter.
Najbardziej znany i najbardziej nowoczesny region Japonii, to zlokalizowany w południowo-wschodniej części kraju Kantou. Podobnie, jak w przypadku Touhoku, również i tutaj wyraźnie odczuwalne jest następstwo czterech pór roku, jednak klimat regionu cechuje się większą łagodnością. Kantou, skupiając największe japońskie metropolie, w tym Tokyo, stanowi serce japońskiego handlu, przemysłu, kultury i rozrywki. To tu zlokalizowane są siedziby największych japońskich firm, międzynarodowych korporacji i wielkie domy medialne. Dzięki światowej popularności, w regionie silnie rozwija się również przemysł turystyczny, nastawiony w znacznym stopniu na ciekawych Orientu mieszkańców Zachodu.
Chuubu to przede wszystkim region największych japońskich szczytów. Alpy Japońskie, zwane też Dachem Japonii, rozciągają się wzdłuż całego obszaru, który poprzecinany jest również najdłuższymi rzekami kraju. Najbardziej rozpoznawalnym widokiem Chuubu jest imponująca rozmiarem Góra Fuji. Największy szczyt Japonii ma wysokość 3776 m n.p.m. i przez wielu uważany jest za uświęcony dar natury. Region charakteryzuje nie tylko geograficzne zróżnicowanie terenu, ale też różnorodność gospodarczej aktywności. Z jednej strony znajdują się tu największe uprawy ryżowe Japonii, z drugiej – zakłady takich gigantów, jak Toyota Motors czy Yamaha.
Drugi najważniejszy pod względem gospodarczym region Japonii, stanowi centrum handlu i przemysłu zachodniej części kraju. Również tutaj istotną rolę pełni gałęź rolnicza – uprawa ryżu, cytrusów oraz rybołówstwo. Dawna stolica Japonii – Kyoto – przyciąga tłumy turystów do wpisanych na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO zabytków, świątyni i architektonicznych perełek. Kinki zachwyca kolejnym z Trzech japońskich pejzaży. Ama-no-hashidate, czyli „niebiański wiszący most”, to wąziutka mierzeja łącząca brzegi zatoki Miyazu. Ponad 3-kilometrowe pasmo białego piasku porasta 8 tysięcy czarnych sosen. Zachwycające kontrastem kolorów pasmo najlepiej podziwiać z punktu widokowego na pobliskiej górze Narai. Spoglądając na mierzeję z głową opuszczoną pomiędzy nogami, można odnieść wrażenie, że piaszczysta wstęga unosi się w powietrze, by połączyć morze z niebem.
Chuugoku to dość górzysty region, którego krajobraz urozmaicają niewielki jeziorka i małe zbiorniki. Nabrzeżne równiny stanowią idealne podłoże ryżowych pól, a ciepły, suchy klimat regionu zapewnia doskonałe warunki do uprawy pomarańczy. W Chuugoku podziwiać można kolejny, ostatni z Trzech japońskich pejzaży – widok bramy świątyni Itsukushima na tle znajdującej się na wyspie góry Misen. Wyłaniająca się z wody konstrukcja, to symbol wyspy, uważanej kiedyś za świętą ziemię, nieodstępną dla przeciętnych obywateli. Region zapisał się w tragicznych dziejach XX wieku, jako miejsce jedynego w historii ataku nuklearnego, który spustoszył Hiroszimę i Nagasaki w ostatnich miesiącach II wojny światowej.
Najmniejsza z czterech głównych wysp Japonii w większości pokryta jest stromymi górami, które utrudniają rozwój przemysłu i ograniczają możliwości jej zamieszkania. Nowe perspektywy dla subtropikalnego Shikoku otworzyło połączenie z wyspą Honshu. Łączący je Wielki Most Seto to zaawansowany systemem składający się z trzech mostów wiszących, dwóch linowych, mostu kratowego oraz pięciu wiaduktów.
Kyuushu to najbardziej wysunięty na południe, a zarazem najcieplejszy region Kraju Kwitnącej Wiśni. Sama wyspa charakteryzuje się górzystym wnętrzem i nadbrzeżnymi równinami. Jej krajobraz urozmaicają gorące źródła oraz wulkany, w tym Aso – najbardziej aktywny z japońskich wulkanów, o wysokości 1592 m n.p.m. Okinawa to natomiast łańcuch 60 małych wysepek, które do 1879 roku istniały, jako niezależne królestwo Ryuukiu. Za sprawą gorącego klimatu, okolica stanowi dziś jeden z najbardziej popularnych japońskich kierunków urlopowych, a ciepłe wody i zachwycające rafy koralowe, przyciągają do tu miłośników wodnych sportów i nurkowania.
Nieoficjalne, geograficzne regiony dzielą się na mniejsze oficjalne jednostki, zwane prefekturami. Są one większe od powiatów (郡 gun), miast (市 shi lub 町machi lub chou) oraz wsi (村 son lub mura). Na czele każdej prefektury stoi gubernator (知事 chiji), wybierany w wyborach bezpośrednich raz na cztery lata. Lokalną władzę ustawodawczą stanowi natomiast jednoizbowy parlament (議会 gikai).
Iwate 岩手
Yamagata 山形
Miyagi 宮城
Fukushima 福島
Gunma 群馬
Ibaraki 茨城
Saitama 埼玉
Tokyo 東京
Chiba 千葉
Kanagawa 神奈川
Ishikawa 石川
Toyama 富山
Nagano 長野
Fukui 福井
Gifu 岐阜
Yamanashi 山梨
Aichi 愛知
Shizuoka 静岡
Kyoto 京都
Shiga 滋賀
Osaka 大阪
Nara 奈良
Mie 三重
Wakayama 和歌山
Shimane 島根
Okayama 岡山
Hiroshima 広島
Yamaguchi 山口
Ehime 愛媛
Tokushima 徳島
Kouchi 高知
Saga 佐賀
Nagasaki 長崎
Kumamoto 熊本
Oita 大分
Miyazaki 宮崎
Kagoshima 鹿児島
Okinawa 沖縄
Wyspiarski kraj, dzięki wielowiekowej izolacji od obcych wpływów, wykształcił wyjątkowo spójną kulturę i obyczajowość. Jego wewnętrzną różnorodność kształtuje jednak geograficzne zróżnicowanie japońskich wysp, ich klimatu i naturalnego piękna. Każdy z regionów przyciąga bogactwem niepowtarzalnych krajobrazów, w które przez wieki wkomponowywane były kolejne dzieła japońskiej architektury. Kraj Kwitnącej Wiśni to znacznie więcej, niż nowoczesne Tokyo czy gorąca Okinawa. To pełna zaskakujących skarbów kraina, w której coś dla siebie znajdzie z pewnością każdy miłośnik orientalnych podróży.